PCR由變性--退火--延伸三個(gè)基本反應(yīng)步驟構(gòu)成: 1、模板DNA的變性:模板DNA經(jīng)加熱至93℃左右一定時(shí)間后,使模板DNA雙鏈或經(jīng)PCR擴(kuò)增形成的雙鏈DNA解離,使之成為單鏈,以便它與引物結(jié)合,為下輪反應(yīng)作準(zhǔn)備。 2、模板DNA與引物的退火(復(fù)性):模板DNA經(jīng)加熱變性成單鏈后,溫度降至55℃左右,引物與模板DNA單鏈的互補(bǔ)序列配對(duì)結(jié)合。3、引物的延伸:DNA模板--引物結(jié)合物在72℃、DNA聚合酶(如TaqDNA聚合酶)的作用下,以dNTP為反應(yīng)原料,靶序列為模板,按堿基互補(bǔ)配對(duì)與半保留復(fù)制原理,合成一條新的與模板DNA鏈互補(bǔ)的半保留復(fù)制鏈。重復(fù)循環(huán)變性--退火--延伸三...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的3’RACE-PCR介紹:利用mRNA的3‘末端的poly(A)尾巴作為一個(gè)引物結(jié)合位點(diǎn),以連有SMART寡核營(yíng)酸序列通用接頭引物的Oligo(dT)30MN作為鎖定引物反轉(zhuǎn)錄合成標(biāo)準(zhǔn)1號(hào)鏈cDNA.然后用一個(gè)基因特異引物GSP1(genespecificprimer,GSP)作為上游引物,用一個(gè)含有部分接頭序列的通用引物UPM(universalprimer,UPM)作為下游引物,以cDNA1號(hào)鏈為模板,進(jìn)行PCR循環(huán),把目的基因3‘末端的。DNA的片段擴(kuò)增出來。 英瀚斯生物,專業(yè)分子檢測(cè)平臺(tái)做PCR檢測(cè)。 大鼠、小鼠血清做pcr檢測(cè)哪家好?河南熒光定量pcr實(shí)驗(yàn)...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的兼并引物PCR(DegeneratePrimer)介紹:兼并引物是指代替編碼單個(gè)氨基酸所有不同堿基可能性的不同序列的混合物。兼并度越低,產(chǎn)物特異性越強(qiáng)。設(shè)計(jì)引物時(shí)應(yīng)盡量選擇兼并性小的氨基酸,并避免引物3’末端兼并,因?yàn)?'端末尾3個(gè)堿基的退火足以在錯(cuò)誤位點(diǎn)起始PCR;次黃嘌呤可以同所有的堿基配對(duì),降低引物的退火溫度。因此,在引物設(shè)計(jì)時(shí),比較選擇兼并性小的氨基酸,并避免引物3'端被兼并,因?yàn)?'端末尾3個(gè)堿基的退火足以在錯(cuò)誤位點(diǎn)起始PCR;次黃嘌呤可以同所有的堿基配對(duì),降低引物的退火溫度。實(shí)驗(yàn)證明,用脫氧肌苷引物進(jìn)行PCR,可以代替編碼蛋白的多種兼并密碼子中的兼并堿基。英瀚斯生...
細(xì)胞長(zhǎng)滿80%瓶底或皿底,換培養(yǎng)液,第二天提取RNA(倒掉培養(yǎng)液,5-10ml冰PBS洗滌細(xì)胞2次空干)加1ml冰TRizoL,用力振蕩培養(yǎng)瓶使細(xì)胞完全脫落,加樣器吹打(吸入1.5ml離心管,旋渦振蕩10秒,室溫靜置5分鐘)加氯仿200ul,漩渦混勻器振蕩10秒,冰盒上靜置10分鐘(40C,8000rpm,5分鐘,)吸取上層水相0.5-0.7ml移至另一1.5ml離心管中,加異丙醇0.5-0.7ml(充分混勻,冰盒上靜置10分鐘,40C,12000rpm,15分)棄上清,加75%冰乙醇1ml,顛倒混勻數(shù)次(40C,12000rpm,15分)棄上清,沉淀快速風(fēng)干。但不要完全干燥,加DEPC處理去...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的3’RACE-PCR介紹:利用mRNA的3‘末端的poly(A)尾巴作為一個(gè)引物結(jié)合位點(diǎn),以連有SMART寡核營(yíng)酸序列通用接頭引物的Oligo(dT)30MN作為鎖定引物反轉(zhuǎn)錄合成標(biāo)準(zhǔn)1號(hào)鏈cDNA.然后用一個(gè)基因特異引物GSP1(genespecificprimer,GSP)作為上游引物,用一個(gè)含有部分接頭序列的通用引物UPM(universalprimer,UPM)作為下游引物,以cDNA1號(hào)鏈為模板,進(jìn)行PCR循環(huán),把目的基因3‘末端的。DNA的片段擴(kuò)增出來。 英瀚斯生物,專業(yè)分子檢測(cè)平臺(tái)做PCR檢測(cè)。 熒光定量pcr和實(shí)時(shí)定量pcr的區(qū)別?江蘇熒光定量pcr...
PCR出現(xiàn)假陽性的原因分析。引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計(jì)引物。靶序列或擴(kuò)增產(chǎn)物的交叉污染:這種污染有兩種原因:一是整個(gè)基因組或大片段的交叉污染,導(dǎo)致假陽性。這種假陽性可用以下方法解決:①操作時(shí)應(yīng)小心輕柔,防止將靶序列吸入加樣器內(nèi)或?yàn)R出離心管外。②除了酶及其他不耐高溫的物質(zhì)外,所有試劑或器材均應(yīng)高壓消毒。所用離心管均應(yīng)一次性使用。③必要時(shí),在加標(biāo)本前,反應(yīng)管和試劑用紫外線照射,以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染,這些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的直接PCR(DirectPCR)介紹:直接PCR意指直接從樣本中擴(kuò)增目的DNA,而無需核酸純化。直接PCR中,在高溫變性階段,諸如細(xì)胞、組織等材料在獨(dú)特的緩沖液中裂解,釋放出DNA。因此這種方法簡(jiǎn)化了PCR實(shí)驗(yàn)流程,減少了動(dòng)手操作的時(shí)間,同時(shí)可避免純化步驟中DNA的損失。推薦具有高合成能力的DNA聚合酶用于直接PCR擴(kuò)增。細(xì)胞碎片、蛋白、脂質(zhì)和多糖也隨DNA釋放到裂解液中,它們會(huì)抑制PCR反應(yīng)。具有高合成能力的DNA聚合酶可以耐受這些抑制劑,從而使直接PCR成為可能。具有高合成能力的聚合酶通常具有更高靈敏度,因此可從未純化樣本中擴(kuò)增微量的DNA。熒光定量pcr的ct值怎么分析...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的錨定PCR(AnchoredPCR)介紹:錨定PCR主要用于分析具有可變末端的DNA序列,Loh等用A-PCR對(duì)人外周血淋巴細(xì)胞T細(xì)胞受體α-鏈的mRNA的多變性進(jìn)行了分析。先合成cDNA,并用末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶在其3’-可變區(qū)末端加上一個(gè)PolyG尾巴。Loh等恒定區(qū)與可變區(qū)連接部位設(shè)一個(gè)引物,另一個(gè)引物是一個(gè)具5’-polyG尾巴的引物。帶有PolyG尾巴的引物是一個(gè)固定點(diǎn),它可以并與PolyG尾巴結(jié)合,無論其余部分序列如何,只識(shí)別片段末端,利用此法可從前述mRNA中檢出至少20種不同序列,每一種都是獨(dú)特的,表明A-PCR不對(duì)任何特殊序列有傾向性結(jié)果,可用于T細(xì)胞及其它...
PCR產(chǎn)物是否為特異性擴(kuò)增,其結(jié)果是否準(zhǔn)確可靠,必須對(duì)其進(jìn)行嚴(yán)格的分析與鑒定,才能得出正確的結(jié)論。PCR產(chǎn)物的分析,可依據(jù)研究對(duì)象和目的不同而采用不同的分析方法。凝膠電泳分析:PCR產(chǎn)物電泳,EB溴乙錠染色紫外儀下觀察,初步判斷產(chǎn)物的特異性。PCR產(chǎn)物片段的大小應(yīng)與預(yù)計(jì)的一致,特別是多重PCR,應(yīng)用多對(duì)引物,其產(chǎn)物片斷都應(yīng)符合預(yù)訐的大小,這是起碼條件。瓊脂糖凝膠電泳:通常應(yīng)用1~2%的瓊脂糖凝膠,供檢測(cè)用。聚丙烯酰胺凝膠電泳:6~10%聚丙烯酰胺凝膠電泳分離效果比瓊脂糖好,條帶比較集中,可用于科研及檢測(cè)分析。酶切分析:根據(jù)PCR產(chǎn)物中限制性內(nèi)切酶的位點(diǎn),用相應(yīng)的酶切、電泳分離后,獲得符合理論的...
PCR反應(yīng)的比較大特點(diǎn)是具有較大擴(kuò)增能力與極高的靈敏性,但令人頭疼的問題是易污染,極其微量的污染即可造成假陽性的產(chǎn)生。主要原因有:1、標(biāo)本間交叉污染;2、PCR試劑的污染;3、PCR擴(kuò)增產(chǎn)物污染;4、實(shí)驗(yàn)室中克隆質(zhì)粒的污染。一個(gè)好的實(shí)驗(yàn)室,要時(shí)刻注意污染的監(jiān)測(cè),考慮有無污染是什么原因造成的污染,以便采取措施,防止和消除污染。1、陽性對(duì)照:在建立PCR反應(yīng)實(shí)驗(yàn)室及一般的檢驗(yàn)單位都應(yīng)設(shè)有PCR陽性對(duì)照,它是PCR反應(yīng)是否成功、產(chǎn)物條帶位置及大小是否合乎理論要求的一個(gè)重要的參考標(biāo)志。2、陰性對(duì)照:每次PCR實(shí)驗(yàn)務(wù)必做陰性對(duì)照。它包括:(1)標(biāo)本對(duì)照:被檢的標(biāo)本是血清就用鑒定后的正常血清作對(duì)照;被檢的...
PCR實(shí)驗(yàn)過程一般分為三步:DNA變性:(90℃-96℃):雙鏈DNA模板在熱作用下,氫鍵斷裂,形成單鏈DNA退火:(60℃-65℃):系統(tǒng)溫度降低,引物與DNA模板結(jié)合,形成局部雙鏈。延伸:(70℃-75℃):在Taq酶(在72℃左右,活性比較好)的作用下,以dNTP為原料,從引物的3′端開始以從5′→3′端的方向延伸,合成與模板互補(bǔ)的DNA鏈。每一循環(huán)經(jīng)過變性、退火和延伸,DNA含量即增加一倍。如圖所示:現(xiàn)在有些PCR因?yàn)閿U(kuò)增區(qū)很短,即使Taq酶活性不是比較好也能在很短的時(shí)間內(nèi)復(fù)制完成,因此可以改為兩步法,即退火和延伸同時(shí)在60℃-65℃間進(jìn)行,以減少一次升降溫過程,提高了反應(yīng)速度做個(gè)pc...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的RT-PCR介紹:在RT-PCR中,通過逆轉(zhuǎn)錄(RT)將RNA轉(zhuǎn)化為cDNA,然后通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增cDNA(圖1)。利用cDNA擴(kuò)增步驟,有望對(duì)初始RNA進(jìn)行進(jìn)一步研究,即便RNA樣本數(shù)量有限或低豐度表達(dá)。RT-PCR的常見應(yīng)用包括表達(dá)基因檢測(cè)、轉(zhuǎn)錄物變異檢測(cè),以及克隆和測(cè)序用cDNA模板制備。由于逆轉(zhuǎn)錄可為PCR擴(kuò)增和下游實(shí)驗(yàn)提供cDNA模板,因此,它是實(shí)驗(yàn)成功的關(guān)鍵步驟之一。選定的逆轉(zhuǎn)錄酶應(yīng)對(duì)所有樣本均具有**高效率,即便是難轉(zhuǎn)錄RNA樣本,如降解、抑制劑殘留或具有高度二級(jí)結(jié)構(gòu)的RNA樣本。一步法和兩步法是兩種**常用的RT-PCR方法,每種方法都具有各自...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的兼并引物PCR(DegeneratePrimer)介紹:兼并引物是指代替編碼單個(gè)氨基酸所有不同堿基可能性的不同序列的混合物。兼并度越低,產(chǎn)物特異性越強(qiáng)。設(shè)計(jì)引物時(shí)應(yīng)盡量選擇兼并性小的氨基酸,并避免引物3’末端兼并,因?yàn)?'端末尾3個(gè)堿基的退火足以在錯(cuò)誤位點(diǎn)起始PCR;次黃嘌呤可以同所有的堿基配對(duì),降低引物的退火溫度。因此,在引物設(shè)計(jì)時(shí),比較選擇兼并性小的氨基酸,并避免引物3'端被兼并,因?yàn)?'端末尾3個(gè)堿基的退火足以在錯(cuò)誤位點(diǎn)起始PCR;次黃嘌呤可以同所有的堿基配對(duì),降低引物的退火溫度。實(shí)驗(yàn)證明,用脫氧肌苷引物進(jìn)行PCR,可以代替編碼蛋白的多種兼并密碼子中的兼并堿基。pcr檢...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展歷程,Khorana(1971)等**早提出核酸體外擴(kuò)增的設(shè)想:“經(jīng)DNA變性,與合適的引物雜交,用DNA聚合酶延伸引物,并不斷重復(fù)該過程便可合成tRNA基因。”1983年4月的一個(gè)星期五晚上,他開車去鄉(xiāng)下別墅的路上,猛然閃現(xiàn)出“多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)”的想法。1983年12月,Mullis用同位素標(biāo)記法看到了10個(gè)循環(huán)后的49bp長(zhǎng)度的***個(gè)PCR片段;1985年,KaryMullis在Cetus公司工作期間,發(fā)明了PCR。Mullis要合成DNA引物來進(jìn)行測(cè)序工作,卻常為沒有足夠多的模板DNA而煩惱。1985年10月25日申請(qǐng)了PCR的**,1987年7月28日批準(zhǔn)(**號(hào)4...
PCR產(chǎn)物是否為特異性擴(kuò)增,其結(jié)果是否準(zhǔn)確可靠,必須對(duì)其進(jìn)行嚴(yán)格的分析與鑒定,才能得出正確的結(jié)論。PCR產(chǎn)物的分析,可依據(jù)研究對(duì)象和目的不同而采用不同的分析方法。凝膠電泳分析:PCR產(chǎn)物電泳,EB溴乙錠染色紫外儀下觀察,初步判斷產(chǎn)物的特異性。PCR產(chǎn)物片段的大小應(yīng)與預(yù)計(jì)的一致,特別是多重PCR,應(yīng)用多對(duì)引物,其產(chǎn)物片斷都應(yīng)符合預(yù)訐的大小,這是起碼條件。瓊脂糖凝膠電泳:通常應(yīng)用1~2%的瓊脂糖凝膠,供檢測(cè)用。聚丙烯酰胺凝膠電泳:6~10%聚丙烯酰胺凝膠電泳分離效果比瓊脂糖好,條帶比較集中,可用于科研及檢測(cè)分析。酶切分析:根據(jù)PCR產(chǎn)物中限制性內(nèi)切酶的位點(diǎn),用相應(yīng)的酶切、電泳分離后,獲得符合理論的...
細(xì)胞長(zhǎng)滿80%瓶底或皿底,換培養(yǎng)液,第二天提取RNA(倒掉培養(yǎng)液,5-10ml冰PBS洗滌細(xì)胞2次空干)加1ml冰TRizoL,用力振蕩培養(yǎng)瓶使細(xì)胞完全脫落,加樣器吹打(吸入1.5ml離心管,旋渦振蕩10秒,室溫靜置5分鐘)加氯仿200ul,漩渦混勻器振蕩10秒,冰盒上靜置10分鐘(40C,8000rpm,5分鐘,)吸取上層水相0.5-0.7ml移至另一1.5ml離心管中,加異丙醇0.5-0.7ml(充分混勻,冰盒上靜置10分鐘,40C,12000rpm,15分)棄上清,加75%冰乙醇1ml,顛倒混勻數(shù)次(40C,12000rpm,15分)棄上清,沉淀快速風(fēng)干。但不要完全干燥,加DEPC處理去...
PCR反應(yīng)的比較大特點(diǎn)是具有較大擴(kuò)增能力與極高的靈敏性,但令人頭疼的問題是易污染,極其微量的污染即可造成假陽性的產(chǎn)生。主要原因有:1、標(biāo)本間交叉污染;2、PCR試劑的污染;3、PCR擴(kuò)增產(chǎn)物污染;4、實(shí)驗(yàn)室中克隆質(zhì)粒的污染。一個(gè)好的實(shí)驗(yàn)室,要時(shí)刻注意污染的監(jiān)測(cè),考慮有無污染是什么原因造成的污染,以便采取措施,防止和消除污染。1、陽性對(duì)照:在建立PCR反應(yīng)實(shí)驗(yàn)室及一般的檢驗(yàn)單位都應(yīng)設(shè)有PCR陽性對(duì)照,它是PCR反應(yīng)是否成功、產(chǎn)物條帶位置及大小是否合乎理論要求的一個(gè)重要的參考標(biāo)志。2、陰性對(duì)照:每次PCR實(shí)驗(yàn)務(wù)必做陰性對(duì)照。它包括:(1)標(biāo)本對(duì)照:被檢的標(biāo)本是血清就用鑒定后的正常血清作對(duì)照;被檢的...
PCR設(shè)計(jì)引物應(yīng)遵循以下原則:①引物長(zhǎng)度:15-30bp,常用為20bp左右。②引物擴(kuò)增跨度:以200-500bp為宜,特定條件下可擴(kuò)增長(zhǎng)至10kb的片段。③引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴(kuò)增效果不佳,G+C過多易出現(xiàn)非特異條帶。ATGC比較好隨機(jī)分布,避免5個(gè)以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。④避免引物內(nèi)部出現(xiàn)二級(jí)結(jié)構(gòu),避免兩條引物間互補(bǔ),特別是3'端的互補(bǔ),否則會(huì)形成引物二聚體,產(chǎn)生非特異的擴(kuò)增條帶。⑤引物3'端的堿基,特別是較末及倒數(shù)第二個(gè)堿基,應(yīng)嚴(yán)格要求配對(duì),以避免因末端堿基不配對(duì)而導(dǎo)致PCR失敗。⑥引物中有或能加上合適的酶切位點(diǎn),被擴(kuò)增的靶序列比較好有適宜的酶切位...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的RT-PCR一步法和兩步法的優(yōu)缺點(diǎn)介紹:一步法:利用同一緩沖液,在同一體系中加入逆轉(zhuǎn)錄酶、引物、Taq酶、4種dNTP直接進(jìn)行mRNA反轉(zhuǎn)錄與PCR擴(kuò)增。發(fā)現(xiàn)Taq酶不僅具有DNA多聚酶的作用,而且具有反轉(zhuǎn)錄酶活性,可利用其雙重作用在同一體系中直接以mRNA為模板進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄和其后PCR擴(kuò)增,從而使mRNA的PCR步驟更為簡(jiǎn)化。所需樣品量減少到比較低限度,臨床小樣品的檢測(cè)非常有利。用一步法擴(kuò)增可檢測(cè)出總RNA中小于1ng的低豐度mRNA.該法可用于低豐度mRNA的cDNA文庫的構(gòu)建及特異cDNA的克隆,并有可能與Taq酶的測(cè)序技術(shù)相組合,使得自動(dòng)反轉(zhuǎn)錄、基因擴(kuò)增與基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的...
PCR反應(yīng)的特異性強(qiáng),其決定因素為:①引物與模板DNA特異正確的結(jié)合;②堿基配對(duì)原則;③TaqDNA聚合酶合成反應(yīng)的忠實(shí)性;④靶基因的特異性與保守性。其中引物與模板的正確結(jié)合是關(guān)鍵。引物與模板的結(jié)合及引物鏈的延伸是遵循堿基配對(duì)原則的。聚合酶合成反應(yīng)的忠實(shí)性及TaqDNA聚合酶耐高溫性,使反應(yīng)中模板與引物的結(jié)合(復(fù)性)可以在較高的溫度下進(jìn)行,結(jié)合的特異性明顯增加,被擴(kuò)增的靶基因片段也就能保持很高的正確度。再通過選擇特異性和保守性高的靶基因區(qū),其特異性程度就更高。pcr內(nèi)標(biāo)不出來的原因是什么?湖南什么是pcr怎么選擇pcr是一種在體外擴(kuò)增特定DNA序列的技術(shù)方法,通過與特定DNA區(qū)域兩端互補(bǔ)的寡核...
pcr防止污染的方法(一)合理分隔實(shí)驗(yàn)室:將樣品的處理、配制PCR反應(yīng)液、PCR循環(huán)擴(kuò)增及PCR產(chǎn)物的鑒定等步驟分區(qū)或分室進(jìn)行。(二)吸樣器:吸樣器污染是一個(gè)值得注意的問題。由于操作時(shí)不慎將樣品或模板核酸吸入器內(nèi)或粘上器頭是一個(gè)嚴(yán)重的污染源,因而加樣或吸取模板核酸時(shí)要十分小心。(三)預(yù)混和分裝PCR試劑:所有的PCR試劑都應(yīng)小量分裝,如有可能,PCR反應(yīng)液應(yīng)預(yù)先配制好,然后小量分裝,-20℃保存。以減少重復(fù)加樣次數(shù),避免污染機(jī)會(huì)。另外,PCR試劑,PCR反應(yīng)液應(yīng)與樣品及PCR產(chǎn)物分開保存,不應(yīng)放于同一冰盒或同一冰箱。(四)防止操作人員污染,使用一次性手套、吸頭、小離心管應(yīng)一次性使用。(五)設(shè)立...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中cDNA第二鏈的合成方法有以下幾種:1、自身引導(dǎo)法合成的單鏈cDNA3'端能夠形成一短的發(fā)夾結(jié)構(gòu),這就為第二鏈的合成提供了現(xiàn)成的引物,當(dāng)***鏈合成反應(yīng)產(chǎn)物的DNA:RNA雜交鏈變性后利用大腸桿菌DNA聚合酶ⅠKlenow片段或反轉(zhuǎn)錄酶合成cDNA第二鏈,***用對(duì)單鏈特異性的S1核酸酶消化該環(huán),即可進(jìn)一步克隆。但自身引導(dǎo)合成法較難控制反應(yīng),而且用S1核酸酶切割發(fā)夾結(jié)構(gòu)時(shí)無一例外地將導(dǎo)致對(duì)應(yīng)于mRNA5'端序列出現(xiàn)缺失和重排,因而該方法目前很少使用。2、置換合成法該方法利用鏈在反轉(zhuǎn)錄酶作用下產(chǎn)生的cDNA:mRNA雜交鏈不用堿變性,而是在dNTP存在下,利用RNA酶H在雜交鏈的...
PCR樣本可分2種,DNA樣本和RNA樣本。一,DNA樣本:已經(jīng)提取好的DNA樣本,負(fù)80度保存,干冰運(yùn)輸;血液樣本,需全血,加入抗凝劑,抗凝管4度保存;組織樣本,需凍存管或干凈滅菌的離心管裝,負(fù)80度保存,干冰運(yùn)輸;細(xì)胞樣本,用胰酶消化后的細(xì)胞沉淀,負(fù)20度或負(fù)80度保存。二,RNA樣本:提取好的RNA樣本,負(fù)80度保存,干冰運(yùn)輸;血液樣本,全血,加入抗凝劑,4度冰箱保存;組織樣本,凍存管或干凈滅菌離心管,負(fù)80度保存,干冰運(yùn)輸;細(xì)胞樣本,用胰酶消化后的細(xì)胞沉淀,負(fù)20度或負(fù)80度保存。長(zhǎng)時(shí)間保存,可加Trizol,其中血液用TrizolLS組織和細(xì)胞沉淀用Trizol。pcr檢測(cè)實(shí)驗(yàn)成功的...
PCR設(shè)計(jì)引物應(yīng)遵循以下原則:①引物長(zhǎng)度:15-30bp,常用為20bp左右。②引物擴(kuò)增跨度:以200-500bp為宜,特定條件下可擴(kuò)增長(zhǎng)至10kb的片段。③引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴(kuò)增效果不佳,G+C過多易出現(xiàn)非特異條帶。ATGC比較好隨機(jī)分布,避免5個(gè)以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。④避免引物內(nèi)部出現(xiàn)二級(jí)結(jié)構(gòu),避免兩條引物間互補(bǔ),特別是3'端的互補(bǔ),否則會(huì)形成引物二聚體,產(chǎn)生非特異的擴(kuò)增條帶。⑤引物3'端的堿基,特別是較末及倒數(shù)第二個(gè)堿基,應(yīng)嚴(yán)格要求配對(duì),以避免因末端堿基不配對(duì)而導(dǎo)致PCR失敗。⑥引物中有或能加上合適的酶切位點(diǎn),被擴(kuò)增的靶序列比較好有適宜的酶切位...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的高GC含量PCR(GC-richPCR)介紹:具有高GC含量(>65%)的模板由于G和C堿基間的強(qiáng)氫鍵影響,比較難以擴(kuò)增。高GC含量序列同時(shí)也涉及二級(jí)結(jié)構(gòu)。因此,高GC含量序列可使DNA聚合酶在擴(kuò)增時(shí)卡住,從而影響了DNA的合成。為了擴(kuò)增高GC含量片段,雙鏈模板必須分離,以便引物結(jié)合及DNA聚合酶讀取序列。為了克服強(qiáng)GC相互作用,較常用的方法是依靠PCR添加劑或共溶劑來幫助DNA變性(圖6A),如DMSO。這些試劑通常會(huì)降低引物的Tm,所以退火溫度也需做相應(yīng)的調(diào)整。高合成能力的DNA聚合酶由于其與模板的強(qiáng)結(jié)合能力,有助于高GC含量模板的PCR擴(kuò)增(圖6B)。高熱穩(wěn)定性DNA聚...
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展歷程,Khorana(1971)等**早提出核酸體外擴(kuò)增的設(shè)想:“經(jīng)DNA變性,與合適的引物雜交,用DNA聚合酶延伸引物,并不斷重復(fù)該過程便可合成tRNA基因?!?983年4月的一個(gè)星期五晚上,他開車去鄉(xiāng)下別墅的路上,猛然閃現(xiàn)出“多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)”的想法。1983年12月,Mullis用同位素標(biāo)記法看到了10個(gè)循環(huán)后的49bp長(zhǎng)度的***個(gè)PCR片段;1985年,KaryMullis在Cetus公司工作期間,發(fā)明了PCR。Mullis要合成DNA引物來進(jìn)行測(cè)序工作,卻常為沒有足夠多的模板DNA而煩惱。1985年10月25日申請(qǐng)了PCR的**,1987年7月28日批準(zhǔn)(**號(hào)4...
pcr是一種在體外擴(kuò)增特定DNA序列的技術(shù)方法,通過與特定DNA區(qū)域兩端互補(bǔ)的寡核苷酸為引物(primer)在試管中DNA聚合酶選擇性地單獨(dú)復(fù)制合成介于兩引物直接的基因片段,如同DNA復(fù)制中的半保留復(fù)制一樣,新合成的基因片段與模板鏈形成新的DNA雙鏈,經(jīng)反復(fù)的變性(denature)引物退火(anerling)和引物延伸(extention)三步循環(huán),前一循環(huán)合成的DNA鏈成為下一循環(huán)引物結(jié)合的模板,每循環(huán)一次,反應(yīng)體系的DNA的量就增加一倍,20-30次反復(fù)循環(huán),即可由微量的DNA模板開始獲得大量的DNA特異片段。近年來,PCR迅速發(fā)展,已深入生命科學(xué)的各個(gè)領(lǐng)域,技術(shù)方法不端完善,基本的PC...
PCR出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增帶的原因分析:PCR擴(kuò)增后出現(xiàn)的條帶與預(yù)計(jì)的大小不一致,或大或小,或者同時(shí)出現(xiàn)特異性擴(kuò)增帶與非特異性擴(kuò)增帶。非特異性條帶的出現(xiàn),其原因:一是引物與靶序列不完全互補(bǔ)、或引物聚合形成二聚體。二是Mg2+離子濃度過高、退火溫度過低,及PCR循環(huán)次數(shù)過多有關(guān)。其次,是酶的質(zhì)和量,往往一些來源的酶易出現(xiàn)非特異條帶而另一來源的酶則不出現(xiàn),酶的量過多有時(shí)也會(huì)出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增。其對(duì)策有:①必要時(shí),重新設(shè)計(jì)引物。②減低酶的量或調(diào)換另一來源的酶。③降低引物量,適當(dāng)增加模板量,減少循環(huán)次數(shù)。④適當(dāng)提高退火溫度或采用二溫度點(diǎn)法(93℃變性,65℃左右退火與延伸,也叫兩步法)??孔V的pcr檢測(cè)外包...
PCR出現(xiàn)假陽性的原因分析。引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計(jì)引物。靶序列或擴(kuò)增產(chǎn)物的交叉污染:這種污染有兩種原因:一是整個(gè)基因組或大片段的交叉污染,導(dǎo)致假陽性。這種假陽性可用以下方法解決:①操作時(shí)應(yīng)小心輕柔,防止將靶序列吸入加樣器內(nèi)或?yàn)R出離心管外。②除了酶及其他不耐高溫的物質(zhì)外,所有試劑或器材均應(yīng)高壓消毒。所用離心管均應(yīng)一次性使用。③必要時(shí),在加標(biāo)本前,反應(yīng)管和試劑用紫外線照射,以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染,這些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。...
PCR方法主要可以分為三類:終點(diǎn)PCR、qPCR和dPCR。終點(diǎn)PCR終點(diǎn)PCR是較原始、較簡(jiǎn)單的PCR方法,如今仍在被我們普遍使用。使用者只能在PCR反應(yīng)結(jié)束之后,通過凝膠電泳、毛細(xì)管電泳等方法對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行檢測(cè)。終點(diǎn)PCR本身是無法定量的,因?yàn)樵摲磻?yīng)產(chǎn)出的DNA量不一定能反映較初情況。舉例來說,不同樣品和序列的擴(kuò)增效率是有差異的。qPCR和dPCR研究者們通過兩種途徑克服了PCR定量分析的挑戰(zhàn):實(shí)時(shí)定量PCR(qPCR)和數(shù)字PCR(dPCR)。qPCR主要是利用插入性染料或熒光探針(比如TaqMan),人們可以通過監(jiān)控PCR過程中的熒光強(qiáng)度比較多個(gè)樣品的DNA水平。數(shù)字PCR(dPCR)的基...