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在制曲過程中，預防雜菌污染可從多方面入手。

首先，原料處理環(huán)節(jié)要把控好。選擇質量、無霉變且干凈的原料，比如質量小麥等，在使用前充分晾曬，去除原料表面可能攜帶的雜菌及水分，降低雜菌滋生的可能性。同時對原料進行篩選，去除雜質、石子等異物，使原料處于良好狀態(tài)進入制曲流程。

其次，制曲環(huán)境的清潔與消毒十分關鍵。制曲房要定期清掃，***灰塵、殘留的曲料等容易藏污納垢之處，然后采用合適的消毒方式，像用紫外線照射、噴灑消毒劑（符合食品安全要求的）等對空間進行***消毒殺菌，打造相對無菌的制曲空間。并且制曲所用的工具，如鏟子、模具等也要進行嚴格消毒，防止交叉污染。

再者，控制制曲的溫度、濕度和通風條件。不同階段按照既定的工藝要求精細調節(jié)這些參數(shù)，因為適宜的溫度、濕度范圍是篩選有益微生物、抑制雜菌生長的重要手段。例如高溫大曲制作時，在前期升溫階段要穩(wěn)步提升溫度，讓耐高溫的有益微生物優(yōu)先生長繁殖，而多數(shù)雜菌難以在這樣的高溫環(huán)境下存活，通風良好則有助于調節(jié)環(huán)境濕度，排出多余水汽，避免濕度過高利于雜菌滋生的情況出現(xiàn)。

另外，人員操作的規(guī)范性也不容忽視。參與制曲的工作人員需穿戴干凈的工作服、工作帽、口罩等，做好個人衛(wèi)生防護，進入制曲房前要經過消毒、清潔步驟，避免將外界雜菌帶入制曲環(huán)境中，嚴格按照標準的制曲操作流程進行原料攪拌、成型等各項操作，減少因人為失誤導致雜菌污染的風險。